Sistema de tratamento e caracterização da expressão de genes de fenilpropanoides em folhas de Myracrodruon urundeuva (Aroeira-do-Sertão)
Resumo
Por meio deste trabalho, foi criado um pipeline computacional usando uma combinação de ferramentas de software de código aberto, configuradas para agilizar a mineração de sequências expressas (ESTs), o corte de vetor, o agrupamento de EST, além de executar a busca on-line para categorização e anotação funcional de genes alvo. Foi modelado e implementado na linguagem de programação Java e banco de dados MySQL um sistema baseado na web, chamado WISE. Com os arquivos de singlets e contigs gerados pelo sistema WISE, foram feitos os alinhamentos, utilizando-se o algoritmo BLASTx de comparação de sequências de nucleotídeos com base de dados não redundante de proteínas. Implementou-se o programa Online Blast XLS Reporter em linguagem de programação C# (CSharp) para executar o BLASTx em batelada. Com o objetivo de verificar a eficiência do sistema desenvolvido, dados obtidos experimentalmente da biblioteca de cDNA de folhas da Myracrodruon urundeuva – uma espécie medicinal nativa do cerrado brasileiro – foram submetidos à análise computacional. Com a implantação do sistema WISE, proporcionaramse aos pesquisadores interoperabilidade, usabilidade e agilidade na execução das análises, principalmente, ao ser comparado às técnicas de manipulação antes utilizadas.