DataNature : sistema para armazenamento de dados de projetos genômicos
Resumo
Solanum lycocarpum conhecida popularmente como lobeira ou fruta-do-lobo, encontrada no cerrado brasileiro, é uma espécie da família Solanaceae, com uso medicinal no tratamento de diabetes melitus, obesidade, taxa de colesterol ruim elevada, asma, doenças hepáticas e inflamações. Tais atividades foram validadas em diversos estudos farmacológicos e várias delas estão correlacionadas com metabólitos secundários acumulados nesta espécie, dentre estes os glicoalcalóides estereoidais (SGAs) e polifenóis. Alguns glicoalcalóides esteroidais são úteis na síntese de hormônios esteroidais, como os contraceptivos, e como precursores para a síntese de outros fármacos. A biossíntese destes metabólitos é catalisada por enzimas cuja produção é regulada em nível transcricional, ou seja, por expressão gênica. Apesar do interesse pelos metabólitos de S. lycocarpum, não existe até o presente nenhuma informação sobre genes expressos em órgãos específicos desta planta, relacionados à biossíntese de metabólitos secundários bioativos. Diante do potencial da aplicação de metabólitos de S. lycocarpum, objetivou-se nesse trabalho o estudo de bibliotecas de genes expressos. Após clonagem e sequenciamento o conjunto de transcritos similares foi agrupado constituindo os chamados contigs e os demais, designados como Singlets. O conjunto de dados obtidos foi armazenado em uma base de dados para suporte à realização de buscas in sílico. Um pipeline de buscas foi implementado para acesso à base de dados existente, viabilizando a realização de anotação, categorização de genes conhecidos e determinação do índice de novidade das bibliotecas. Ferramentas computacionais adicionais foram acessadas para rastreamento in sílico de genes da via de biossíntese de metabólitos de interesse, com foco em genes codificadores de enzimas chaves na biossíntese de SGAs, inclusive com o uso de primers desenhados a partir de sequências conservadas em outras espécies de Solanum ou outros gêneros de Solanaceae. A integração de aplicativos adequados à análise da espécie em estudo resultou na estruturação do sistema computacional DataNature, para armazenagem, consulta e tratamento de dados oriundos de pesquisas em projetos de transcriptomas de espécies diversas.