Avaliação do perfil transcricional de Trichophyton rubrum cocultivado com queratinócitos humanos HaCat utilizando RNA-Seq.
Resumo
Os dermatófitos, como o fungo T. rubrum, são considerados os maiores causadores de infecções fúngicas de pele, cabelos e unhas, pois utilizam substratos queratinizados como seus principais nutrientes. Além disso, estas infecções também acometem pacientes imunocomprometidos e diabéticos, podendo se comportar de maneira invasiva ocasionando infecções graves. Apesar da importância de T. rubrum o processo de interação do fungo com o hospedeiro humano não é bem compreendido do ponto de vista celular e molecular. Para entender a complexa interação dos genes fúngicos e humanos durante o processo infeccioso é necessário utilizar a técnica de RNAseq, pois atualmente é ferramenta molecular mais eficaz que permite a analise concomitante de expressão gênica e diferenciação dos dois tipos celulares através de programas de análise. Dessa forma, o presente estudo teve por objetivo avaliar o perfil transcricional de genes humanos e fúngicos simultaneamente por RNA-Seq através do modelo de infecção in vitro de T. rubrum co-cultivado em linhagem de queratinócitos humanos HaCat. Para isso, conídios pré- germinados de T. rubrum foram co-cultivados com queratinócitos humanos HaCat por 24 horas e após, os RNAs extraídos do co-cultivo, controle de células na ausência do fungo e controle de T. rubrum isolado foram sequenciados por RNAseq. Como resultado do sequenciamento obteve-se em média 32 milhões de reads para o controle de T. rubrum isolado, 26 milhões para o co-cultivo e 40 milhões para o controle de células que foram filtradas e alinhadas com os respectivos genomas de referência utilizando-se os softwares FastQC e Bowtie2. A expressão diferencial dos genes no co-cultivo em relação aos controles de T. rubrum e queratinócitos não infectados foi determinada através do pacote DESeq/Bioconductor sendo identificados 369 genes de HaCat e 70 genes de T. rubrum diferencialmente expressos em 24h de co-cultivo. Estes genes foram classificados e agrupados em categorias de acordo com suas funcionalidades, das quais foram selecionadas as categorias referentes a processos metabólicos, ao transporte via membrana, a patogenicidade, ao ciclo do glioxilato, estabelecimento da barreira epidermal, resposta de defesa à outros organismos, regulação na produção de citocinas, regulação da migração epitelial e resposta à lesões. Dessa forma, sugerimos que esses processos, evidenciados pela técnica de RNA seq, são os mais relevantes para compreender os mecanismos moleculares envolvidos na relação entre T. rubrum e a célula de queratinócitos humana.